1.覆盖和保护功能。在婴幼儿时期，包皮与阴茎头是融合的，有助于防止病原微生物的入侵。正常状态下，包皮与阴茎头能很好地贴在一起，对阴茎头起到覆盖保护作用。在勃起状态下，阴茎干增长约50%，包皮可充分伸展以覆盖增长的阴茎干。在性交过程中，包皮能保护阴茎的冠状沿预防受到过强的刺激，可以防止过早射精和不必要的射精。包皮还能使阴茎维持较理想的温度、pH环境和清洁度。

2.免疫功能。包皮的黏膜免疫系统能通过产生抗原来防止泌尿道的感染。包皮中含有朗格汉斯细胞，能分泌细胞因子。有研究发现，包皮与阴茎头之间的潮湿环境中含有溶菌酶，可以毁坏有害微生物，从而达到预防泌尿道感染的作用。

3.性功能。包皮是正常性功能所必需的原始的唤起情欲的组织。包皮边缘富含机械受体感受器，阴茎头则富含游离神经末梢，他们的交互作用是正常性行为所必需的。自慰过程中，包皮的黏膜面在阴茎头的黏膜面上前后滑动，可以产生无损伤的性刺激。在异性性交中，阴茎头及包皮的黏膜面在阴唇及阴道的黏膜面前后滑动，这些黏膜和黏膜之间的充分接触能产生正常性交所需要的天然润滑剂，预防因干燥而引起的性交痛及生殖器擦伤。

包皮黏膜与皮肤的交界处神经分布较丰富，在性交中，这个区域被拉直，其中的性快感感受器受到刺激，有利于阴茎勃起及射精反射。包皮在性交中堆叠在一起，有防止阴道分泌物丢失的作用，从而使性生活顺利进行。

尽管包皮有着这些重要的功能，但也有其不利的一面，在没有做过包皮环切手术的大多数男性尿道口周围，可以检测出大肠杆菌、肠球菌、变形杆菌、假单胞菌和克雷伯氏杆菌等细菌和生殖支原体，使包皮成了微生物天然的“储藏所”，它们为感染AIDS病毒创造了条件。